Văzând ieromonahul David că este înconjurat de lume şi nu mai are linişte la rugăciune, temându-se de duhul slavei deşarte, a luat binecuvântare de la episcopul de Rădăuţi şi s-a retras la Mănăstirea Sfântul Lavrentie (Laurenţiu). Dar şi acolo îl căutau credincioşii, precum şi cei bolnavi de duhuri necurate. Cuviosul David, însă, ziua făcea ascultare şi stătea între oameni, iar noaptea priveghea, se ruga şi împletea coşuri de nuiele pentru obşte. Aşa îşi omora cuviosul ispitele tinereţii şi cugetul slavei deşarte.

Odată l-a trimis egumenul cu oarecare ascultare în oraşul Siret. Acolo, înconjurându-l credincioşii, a zăbovit cuviosul o zi, neputând a se întoarce la timp în mănăstire. Atunci, egumenul i-a dat canon să nu mai iasă o vreme din lavră. Deci, smerindu-se ieromonahul David, şi-a împlinit cu bucurie canonul, dând slavă lui Dumnezeu pentru toate.

Trecând câţiva ani şi Cuviosul David sporind mult în nevoinţa duhovnicească, se simţea chemat de Duhul Sfânt la viaţa pustnicească. Sufletul său era rănit de dragostea lui Hristos şi dorea să-L slăvească neîncetat cu îngerii şi cu sihaştrii din codrii Carpaţilor. Deci, primind binecuvântare de la egumenul Mănăstirii Sfântul Lavrentie, a îmbrăcat mai întâi marele şi îngerescul chip al schimniciei, schimbându-şi numele din David în Daniil. Apoi, tăinuindu-se de lume, s-a retras singur în adâncul codrilor pe valea pârâului Secu-Neamţ, cu puţin înainte de anul 1450, unde s-a nevoit 14 ani în aspre osteneli călugăreşti. Apoi, văzându-se înconjurat de lume, s-a retras în nordul Moldovei, aproape de sihăstria Putna.

Călăuzit de Dumnezeu, Cuviosul Daniil şi-a făcut mai întâi o colibă de lemn pe valea pârâului Viţeul. Apoi, aflând o stâncă mare în apropiere, şi-a săpat cu dalta o mică chilioară în peretele stâncii, cât să poată încăpea. Alături şi-a scobit o altă încăpere, drept paraclis de rugăciune, cum se vede până astăzi. În această stâncă s-a nevoit Cuviosul Daniil în plăcere de Dumnezeu mai mult de 20 de ani.

Nevoinţa Preacuviosului Părintelui nostru Daniil Sihastrul în chilia de la Putna era aceasta:
Ziua şi noaptea priveghea cu neîncetată rugăciune şi cugetare la cele dumnezeieşti, postind până la asfinţitul soarelui. Din chilie nu ieşea deloc toată săptămâna. Mâncarea lui era formată din pesmeţi de pâine, rădăcini şi ierburi, iar lucrul mâinilor sale era împletirea coşurilor de nuiele. Duminica săvârşea Sfânta Liturghie şi se împărtăşea cu Trupul şi Sângele lui Hristos, apoi primea pe cei ce veneau la el pentru vindecare de boli şi pentru cuvânt de folos. În posturi postea câte trei şi uneori cinci zile şi avea darul rugăciunii şi al lacrimilor.

Pentru sfinţenia vieţii sale, pentru postul cel îndelungat şi pentru privegherile cele de toată noaptea cu rugăciuni şi cu lacrimi, Cuviosul Daniil Sihastrul a fost multă vreme ispitit de satana, căutând să-l alunge din pustie şi să-l arunce în păcatul cel cumplit al slavei deşarte. Dar cuviosul, cerând ajutorul lui Hristos şi cu puterea Sfintei Cruci, toate cursele diavolului le biruia. Pentru aceea, în puţină vreme s-a învrednicit de la Dumnezeu de darul lacrimilor, al mai înaintevederii şi al vindecării de boli. Căci izgonea duhurile necurate din oameni numai cu cuvântul şi vindeca tot felul de bolnavi. Apoi cunoştea cugetele cele ascunse şi spunea multora tainele cele viitoare, căci era plin de darul Duhului Sfânt.

Pentru nişte daruri ca acestea, numele cuviosului se făcuse cunoscut în toată ţara Moldovei, iar poporul, de la mic până la mare, l-a numărat din tinereţe în ceata sfinţilor. Cei mai mulţi îl numeau „Sfântul Daniil, Sihastrul cel Bătrân", căci era părinte şi povăţuitor al tuturor sihaştrilor din nordul Moldovei. Alţii, îndeosebi călugării, îl numeau „Sfântul Daniil Schimonahul". Iar după mutarea sa din trup, era numit în popor „Sfântul Daniil cel Nou", ca să-l deosebească de alţi cuvioşi cu acelaşi nume.

În anul 1451, întâmplându-se grabnică moarte domnului ţării, Bogdan Voievod, fiul său Ştefan cu greu a scăpat de primejdie. Deci, auzind de nevoinţa şi minunile Sfântului Daniil Sihastrul şi fiind în grea strâmtoare, a fost călăuzit de Duhul Sfânt la chilia lui. Aici, poposind câteva zile, şi-a mărturisit cugetele înaintea cuviosului, a primit de la el dezlegare de păcate şi multe cuvinte de mângâiere. Apoi, liniştindu-i sufletul, marele sihastru l-a binecuvântat, s-a rugat pentru dânsul, i-a proorocit că în curând va fi domn al Moldovei şi l-a liberat cu pace.

În primăvara anului 1457, Ştefan cel Mare, ajungând pe scaunul Moldovei, s-a încredinţat de împlinirea proorociei Sfântului Daniil Sihastrul şi de darul lui Dumnezeu care era întru dânsul. Din anul acela, cuviosul i-a fost marelui domn cel dintâi sfetnic, duhovnic şi rugător către Dumnezeu. Adeseori, voievodul poposea la chilia lui, îşi mărturisea păcatele, îi cerea cuvânt de folos şi nimic nu făcea fără rugăciunea şi binecuvântarea lui. Iar cuviosul îl îmbărbăta şi îl îndemna să apere ţara şi creştinătatea de mâinile păgânilor, încredinţându-l că, de va zidi după fiecare luptă câte o biserică spre lauda lui Hristos, în toate războaiele va birui.
Astfel, ascultându-l, Ştefan cel Mare a apărat cu multă vitejie Biserica lui Hristos şi ţara Moldovei după căderea Bizanţului, aproape o jumătate de secol, câştigând 47 de războaie şi înălţând 48 de biserici. În felul acesta, Cuviosul Daniil Sihastrul s-a dovedit un mare apărător al Ortodoxiei româneşti şi ctitor duhovnicesc al mănăstirilor înălţate la îndemnul său.