Odată, poposind domnul Moldovei în chilia cuviosului, a fost îndemnat de marele sihastru să zidească în apropiere de chilia sa o mănăstire de călugări, întru pomenirea Adormirii Maicii Domnului, către care avea mare evlavie. Deci, ascultându-l Ştefan Voievod şi împreună alegând locul, cu binecuvântarea lui s-a început în anul 1466 zidirea Mănăstirii Putna. Iar în anul 1470, când s-a sfinţit acest dumnezeiesc lăcaş, însuşi Sfântul Daniil a luat parte, fiind cinstit de toţi ca un al doilea ctitor.

Se mai spunea despre dânsul că, voind Ştefan Vodă să-i încredinţeze mănăstirea, de multe ori l-a rugat să fie egumen şi părinte duhovnicesc al Putnei. Dar cuviosul, socotindu-se nevrednic de o cinste ca aceasta, a rămas mai departe la mica lui chilie din peşteră.

Pentru sfinţenia vieţii sale, Cuviosul Daniil Sihastrul s-a dovedit din tinereţe purtător de Hristos şi mare dascăl al liniştii şi rugăciunii lui Iisus. În timpul vieţii sale nu era în Moldova alt sihastru şi duhovnic mai vestit, nici alt lucrător şi dascăl al rugăciunii mai iscusit decât el. De aceea, toţi egumenii şi duhovnicii din nordul Moldovei, ca şi dregătorii din sfatul ţării, îl aveau de părinte duhovnicesc.

Urmând exemplul vieţii sale, numeroşi călugări iubitori de linişte din chinovii se retrăgeau în pustie cu binecuvântarea Cuviosului Daniil şi deveneau sihaştri şi lucrători sporiţi ai rugăciunii lui Iisus. Astfel, acest mare ascet al Moldovei avea prin mănăstiri şi sate numeroşi fii duhovniceşti, iar prin munţi şi prin codri avea peste o sută de ucenici sihaştri care se nevoiau în plăcere de Dumnezeu, după sfatul său. Aşa a creat Sfântul Daniil Sihastrul în Moldova o mare mişcare isihastă, aproape fără egal, înnoind astfel, pentru multă vreme, viaţa duhovnicească prin mănăstiri şi schituri şi ridicând o întreagă generaţie de sihaştri şi rugători ai neamului.

După anul 1470, văzând cuviosul că la Putna.nu mai are linişte din cauza mănăstirii şi a mulţimii credincioşilor, a părăsit chilia în care se nevoise peste douăzeci de ani şi s-a retras în taină în codrii seculari din jurul Mănăstirii Voroneţ. Aici se nevoiau ca la cincizeci de călugări sub povăţuirea ieroschimonahului Misail, vrednic ucenic al Sfântului Daniil. Deci, aflând un loc retras în preajma mănăstirii, şi-a făcut o mică chilie deasupra stâncii numită „Şoimul" şi aici se ostenea cuviosul în desăvârşită linişte şi plăcere de Dumnezeu.
Însă n-a trecut multă vreme şi îndată numele lui s-a făcut cunoscut în toate satele din partea locului, încât veneau la el tot felul de bolnavi, paralizaţi, oameni stăpâniţi de duhuri necurate şi se vindecau. Credincioşii, neputând ajunge la chilia lui, aşteptau jos în mănăstire, iar cuviosul cobora noaptea, se ruga pentru ei, le spunea pricina suferinţei, îi sfătuia, îi binecuvânta şi îi trimitea sănătoşi la casele lor.

În vara anului 1476, Ştefan cel Mare, pierzând lupta de la Războieni în faţa turcilor, s-a dus la chilia Sfântului Daniil Sihastrul, bunul său părinte duhovnicesc de la Voroneţ. Deci, „bătând Ştefan Vodă în uşa sihastrului să-i descuie, a răspuns sihastrul să aştepte Ştefan Vodă afară până va termina ruga. Şi după ce şi-a terminat sihastrul ruga, l-a chemat în chilie pe Ştefan Vodă. Şi s-a spovedit Ştefan Vodă la dânsul. Şi a întrebat Ştefan Vodă pe sihastru ce va mai face, că nu poate să se mai bată cu turcii. «Închina-voi ţara la turci sau nu?» Iar sihastrul a zis să nu o închine, că războiul este al lui, numai după ce va izbăvi, să facă o mănăstire acolo, în numele Sfântului Gheorghe". Deci, crezând domnul Moldovei în proorocia Sfântului Daniil că va birui pe turci şi luând de la el rugăciune şi binecuvântare, îndată a adunat oaste şi a izgonit pe turci din ţară. Aşa ajuta cuviosul cu rugăciuni fierbinţi către Dumnezeu să se izbăvească Moldova şi ţările creştine de robia păgânilor.

Răposând mitropolitul Teoctist, în toamna anului 1477, Ştefan cel Mare s-a sfătuit cu clerul şi episcopii ţării să aleagă păstor şi părinte al Moldovei pe Sfântul Daniil Sihastrul de la Voroneţ. Dar cuviosul, auzind de aceasta, s-a rugat cu lacrimi lui Dumnezeu şi voievodului să nu-l lipsească până la moarte de fericita lui linişte. Deci, cucerindu-se toţi de smerenia şi sfinţenia lui, şi-au cerut iertare şi l-au lăsat în pustie să slăvească neîncetat pe Dumnezeu.

Timp de 20 de ani cât a sihăstrit la Voroneţ, Cuviosul Daniil a creat aici o nouă vatră isihastă, tot atât de importantă ca şi cea de la Putna. Căci în puţină vreme s-au adunat în jurul său zeci de sihaştri, unii mai nevoitori decât alţii, care se osteneau, fie în codrii Voroneţului, fie în Munţii Rarăului, fie de-a lungul Carpaţilor Răsăriteni. Cei mai mulţi practicau rugăciunea lui Iisus, postul şi tăcerea. Alţii citeau zilnic Psaltirea, alţii făceau mii de metanii şi împleteau coşuri, iar alţii, fiind buni caligrafi, scriau cărţi de slujbă pentru biserici şi mănăstiri. Cei mai aleşi ucenici ai Cuviosului Daniil Sihastrul au fost: mitropolitul Grigorie Roşea, monahul caligraf Ioan, precum şi egumenii Misail şi Efrem, toţi din Mănăstirea Voroneţ. Apoi Cuviosul Pahomie Sihastrul şi egumenul Nil din Mănăstirea Slatina; egumenul Paisie, Paladie-Sihastrul şi Anastasie Sihastrul de la Mănăstirea Neamţ; Isaia Pustnicul de la Mănăstirea Moldoviţa, egumenul Gherontie de la Humor şi mulţi alţii.

Aducându-şi aminte Ştefan cel Mare de făgăduinţa dată lui Dumnezeu şi Sfântului Daniil Sihastrul, în vara anului 1488 a zidit din temelie, la Mănăstirea Voroneţ, o frumoasă biserică din piatră închinată Sfântului Mare Mucenic Gheorghe, în locul vechii biserici de lemn. La 14 septembrie, în acelaşi an, biserica a fost sfinţită de mitropolitul Gheorghe, în prezenţa fericiţilor ei ctitori, Ştefan Voievod şi Cuviosul Daniil Sihastrul, şi a zeci de mii de credincioşi, călugări, clerici şi dregători de ţară. În această zi, cu sfat de obşte, Sfântul Daniil, deşi bătrân, a fost numit egumen al Mănăstirii Voroneţ.

Timp de aproape 10 ani, Sfântul Daniil a povăţuit obştea Mănăstirii Voroneţ, ca un mare părinte duhovnicesc al călugărilor, al sihaştrilor şi al întregii Moldove. Căci, deşi petrecea mai mult la chilia sa de pe stânca Şoimului, fiind foarte iubitor de linişte, adeseori cobora în obşte, mărturisea soborul, tămăduia pe cei bolnavi ce se adunau de prin sate şi îi sfătuia pe toţi. Apoi, iarăşi se retrăgea la chilia sa.